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预算单位零余额账户应用于行政单位会计和事业单位会计中，进行财政授权支付。在办理授权支付业务时，先由代理银行根据支付令，通过预算单位“零余额账户”将资金支付到供应商或收款人账户。虽然支付指令由单位下达，但财政不再将货币资金拨付到预算单位，而是将用款额度划拨到预算单位的“零余额账户”，于当日营业终了前由代理银行依照财政部批准的用款额度与国库单一账户清算，财政授权的转账业务一律通过预算单位零余额账户办理。
一、财政授权支付方式下收入、支出确认
预算单位应设置“零余额账户用款额度”科目。该账户可以办理转账、提取现金等结算业务；可以向本单位按账户管理规定保留的相应账户划拨工会经费。预算单位可以根据预算载明的用途，将财政补贴住房公积金、医疗保险费通过零余额账户转入单位基本存款账户，再通过基本存款账户将有关资金分别划拨到住房公积金管理中心和社会保险局。代扣个人所得税由该户直接上缴。现以甲事业单位为例（简称甲预算单位，下同），探讨“零余额账户”在预算会计中的账务处理。假设甲预算单位实行国库集中收付制度下的财政授权支付。
（1）甲预算单位收到代理银行盖章的“授权支付到账通知书”月授权额度为400万元，该额度记入“零余额账户”和“财政补助收入”。
借：零余额账户用款额度 4000000
贷：财政补助收入――财政授权支付 4000000
（2）甲预算单位购买材料9万元
借：库存材料 90000
贷：零余额账户用款额度 90000
（3）甲预算单位购置固定资产16万元
借：事业支出 160000
贷：零余额账户用款额度 160000
同时
借：固定资产 160000
贷：固定基金 160000
（4）甲预算单位从“零余额账户”提取现金1万元
借：库存现金 10000
贷：零余额账户用款额度 10000
（5）甲单位报销差旅费2000元
借：事业支出 2000
贷：库存现金 2000
（6）库存现金超限额的处理。预算单位将超过库存限额的现金缴存“零余额账户”，单位在填写现金缴款单时，注明提取现金开具的支付凭证号后两段数字，依据代理行盖章的现金缴款单用红字登记在“零余额账户”贷方，同时贷记“库存现金”。这样处理解决了因单位在缴库存现金时“零余额账户”上产生余额的问题。
甲单位缴库存现金5000元
借：零余额账户用款额度 5000
贷：库存现金 5000
（7）在零余额用款额度不足的情况下，单位用基本账户垫付特殊款项处理：事后甲单位向财政部门提出特殊转款申请，经批准后方可由“零余额账户”向基本户还款。预算单位未经财政批准，不得将零余额账户的资金转入单位基本户或其他户。
二、对账处理
处理完当月账务后，应就单位“零余额账户”与代理银行提供的对账单核对财政授权支付的额度、支出数、额度结余数，经双方签证后的对账单由事业单位随同月份会计报表逐级上报。每日终了，事业单位应编制现金日报表。需注意：（1）预算单位出纳账上的“零余额账户”借方余额应该与银行的预算单位财政支付额度对账表的期末结余额度一致；（2）预算单位“零余额账户”借方反映的是单位从财政收到的零余额用款额度，与单位财务账上的拨人经费、财政补助收入、预算外收入、事业收入等科目的贷方发生额一致：预算单位“零余额账户”贷方反映预算单位零余额的支付、退款及缴存现金的数额，与单位财务账上的授权支付数额一致。
三、年终整理与预算结余资金处理
年终时，财政和预算单位设置整理期，用于处理未达账款等事宜。整理期结束后，财政国库管理机构、财政国库支付执行机构、预算单位之间及上、下级预算单位之间的各有关账户必须完全一致，不应再有未达账项。预算单位年终结余资金的数额按照财政部门批复的部门预算数额加上年预算结余数额减当年财政国库已支付数额（包括财政直接支付数额和财政授权支付数额）和应缴回财政部门数额后的余额计算。无论财政授权支付还是财政直接支付的结余资金，年终全部转入“财政应返还额度”。下年恢复额度时，财政授权支付结余资金转入“零余额账户”，而财政直接支付结余资金仍保留在“财政应返还额度”科目。支出时，减少“财政应返还额度”。
假设甲预算单位2009年财政部门批准年度预算8000万元，其中财政直接支付预算数3000万元，财政授权支付预算数5000万元。累计预算支出数额7880万元，其中财政直接支付2950万元，财政授权支付4930万元。
（1）年终，甲预算单位依据本年度财政直接支付预算指标数与当年财政直接支付实际数的差额，确认财政直接支付年终预算结余资金数额50万元（3000-2950），应增加财政应返还额度50万元，确认财政补助收A50万元。
借：财政应返还额度――财政直接支付 500000
贷：财政补助收入 500000
（2）年度终了，零余额用款额度必须清零。甲预算单位依据代理银行提供的对账单注销额度时，确认财政授权支付年终结余资金为70万元（5000-4930）。对于财政授权支付年终预算结余资金，应增加财政应返还额度70万元，减少零余额账户用款额度70万元。
借：财政应返还额度――财政授权支付 700000
贷：零余额账户用款额度 700000
下年初恢复额度时，财政授权支付预算结余资金转入“零余额账户”，依据代理银行提供的额度恢复到账通知书：
借：零余额账户用款额度 700000
贷：财政应返还额度――财政授权支付 700000
财政直接支付结余资金下年度恢复财政直接支付额度时，不做处理。仍保留在“财政应返还额度”科目，下年支出使用时：
借：事业支出
贷：财政应返还额度――财政直接支付
（3）如果甲预算单位本年度财政授权支付预算指标数大于零余额账户用款额度下达数，假设两者的差额25万元：
借：财政应返还额度――财政授权支付 250000
贷：财政补助收入 250000
（4）如果下年度收到财政部门批复的财政授权支付上年未下达零余额账户用款额度：
借：零余额账户用款额度 250000
贷：财政应返还额度――财政授权支付 250000
国库管理制度最大优点在于，增强财政工作的公正性；最大限度地节约财政资金；强化预算约束；减少支付中间环节，加快资金到账速度；有利于防止截留、挤占、挪用财政资金，加强廉政建设，加强财政管理监督和提高支付效率。但是，在实际工作中也存在不完善之处，如代理银行按日将支付的财政性资金与国库单一账户进行清算，此时不再办理预算单位当天的业务，缺乏灵活性。这一点需要在改革中采取相关措施，如延长零余额账户支付时间、延后代理银行与国库中心结算时间。这些问题还有待于在实践中日臻完善。
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